Αναλυτικά, για την επιστροφή ΦΠΑ στους αγρότες του ειδικού καθεστώτος του άρθρου 41 του Κώδικα ΦΠΑ (ν. 2859/2000) ακολουθούνται οι εξής διαδικασίες:
α) Είτε απευθείας από το δικαιούχο αγρότη στη Δ.Ο.Υ. που διαθέτει τμήμα ελέγχου στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας ασκεί μία από τις αγροτικές εκμεταλλεύσεις του. Η αίτηση επιστροφής υποβάλλεται υποχρεωτικά απευθείας από το δικαιούχο αγρότη σε κάθε περίπτωση που το προς επιστροφή ποσό είναι ίσο ή μεγαλύτερο με 10.000 ευρώ.
β) Είτε μέσω συνεταιριστικής οργάνωσης στη Δ.Ο.Υ. που διαθέτει τμήμα ελέγχου στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας βρίσκεται η έδρα της συνεταιριστικής οργάνωσης.
Η απόφαση της επιστροφής ΦΠΑ στους αγρότες του ειδικού καθεστώτος έχει σταλεί προς δημοσίευση στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
