1.Υπάρχει παντελής απουσία κωδικών του μητρώου των ΜΚΟ.
2.Δεν υπάρχει μητρώο προγραμμάτων που υλοποιούν οι ΜΚΟ.
3.Σε ορισμένες περιπτώσεις δεν αναγράφεται η χώρα στην οποία αφορά το πρόγραμμα που θα χρηματοδοτείτο.
4.Δεν υπήρχε σύστημα αντιπαραβολής και ελέγχου στοιχείων.
5.Καταχωρήθηκαν εσφαλμένα χρηματοδοτικά στοιχεία.
6.Δεν υπάρχει σύστημα καταχώρησης στοιχείων.
7.Δεν υπάρχει τρόπος καταγραφής παλαιότερων ονομάτων ΜΚΟ.
8.Έλλειψη ειδικευμένου προσωπικού.