Έπειτα από τη σχετική διενέργεια της κλήρωσης για το πρωτάθλημα της Σούπερ Λϊγκας την αγωνιστική περίοδο 2012-2013, το πλήρες αγωνιστικό πρόγραμμα της ανώτατης επαγγελματικής κατηγορίας διαμορφώθηκε ως εξής:
1η αγωνιστική
Πανιώνιος - Αρης 1-0
Βέροια - Ολυμπιακός 1-2
ΟΦΗ - Ξάνθη 0-0
Λεβαδειακός - Παναθηναϊκός 0-1
ΑΕΚ - Αστέρας Τρίπολης 0-1
ΠΑΣ Γιάννινα - Πλατανιάς 0-0
Κέρκυρα - Ατρόμητος 0-2
ΠΑΟΚ - Πανθρακικός 1-0
2η αγωνιστική
Βέροια - Πανιώνιος 0-1
Αρης - ΟΦΗ 0-0
Ολυμπιακός - Λεβαδειακός 4-0
Ξάνθη - ΑΕΚ 1-0
Παναθηναϊκός - ΠΑΣ Γιάννινα 1-1
Αστέρας Τρίπολης - Κέρκυρα 3-0
Πλατανιάς - Πανθρακικός 2-0
Ατρόμητος - ΠΑΟΚ 1-0
3η αγωνιστική
Λεβαδειακός - Βέροια 0-0
ΑΕΚ - Αρης 1-1
ΠΑΣ Γιάννινα - Ολυμπιακός 1-2
Κέρκυρα - Ξάνθη 1-1
Πανθρακικός - Παναθηναϊκός 1-0
ΠΑΟΚ - Αστέρας Τρίπολης 2-1
Πλατανιάς - Ατρόμητος 0-0
Πανιώνιος - ΟΦΗ 2-1
4η αγωνιστική
Λεβαδειακός - Πανιώνιος 3-0
ΟΦΗ - ΑΕΚ 2-1
Βέροια - ΠΑΣ Γιάννινα 1-0
Αρης - Κέρκυρα 1-0
Ολυμπιακός - Πανθρακικός 4-1
Ξάνθη - ΠΑΟΚ 0-3
Παναθηναϊκός - Ατρόμητος 1-1
Αστέρας Τρίπολης - Πλατανιάς 2-1
5η αγωνιστική
Πανιώνιος - ΑΕΚ 1-0
Κέρκυρα - ΟΦΗ 2-1
Ατρόμητος - Ολυμπιακός 0-1
Πανθρακικός - Βέροια 0-1
ΠΑΟΚ - Αρης 4-1
Πλατανιάς - Ξάνθη 3-2
Παναθηναϊκός - Αστέρας Τρίπολης 0-0
ΠΑΣ Γιάννινα - Λεβαδειακός 1-0
6η αγωνιστική
ΠΑΣ Γιάννινα - Πανιώνιος 1-2
ΑΕΚ - Κέρκυρα 1-1
Λεβαδειακός - Πανθρακικός 0-3
ΟΦΗ - ΠΑΟΚ 1-1
Βέροια - Ατρόμητος 2-2
Αρης - Πλατανιάς 0-2
Ολυμπιακός - Αστέρας Τρίπολης 1-0
Ξάνθη - Παναθηναϊκός 1-2
7η αγωνιστική
Πανιώνιος - Κέρκυρα 0-1
Πανθρακικός - ΠΑΣ Γιάννινα 0-3
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ 1-0
Ατρόμητος - Λεβαδειακός 0-0
Πλατανιάς - ΟΦΗ 1-2
Αστέρας Τρίπολης - Βέροια 3-0
Παναθηναϊκός - Αρης 1-1
Ολυμπιακός - Ξάνθη 4-0
8η αγωνιστική
Πανθρακικός - Πανιώνιος 1-2
Κέρκυρα - ΠΑΟΚ 0-0
Λεβαδειακός - Αστέρας Τρίπολης 0-0
ΠΑΣ Γιάννινα - Ατρόμητος 0-0
ΑΕΚ - Πλατανιάς 1-0
ΟΦΗ - Παναθηναϊκός 2-2
Βέροια - Ξάνθη 0-0
Αρης - Ολυμπιακός 2-2
9η αγωνιστική
Πανιώνιος - ΠΑΟΚ 1-2
Ατρόμητος - Πανθρακικός 2-1
Πλατανιάς - Κέρκυρα 1-1
Αστέρας Τρίπολης - ΠΑΣ Γιάννινα 2-0
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ 1-0
Ξάνθη - Λεβαδειακός 1-0
Ολυμπιακός - ΟΦΗ 2-0
Αρης - Βέροια
10η αγωνιστική
Ατρόμητος - Πανιώνιος 1-0
ΠΑΟΚ - Πλατανιάς 2-0
Πανθρακικός - Αστέρας Τρίπολης 1-0
ΠΑΣ Γιάννινα - Ξάνθη 1-0
ΑΕΚ - Ολυμπιακός 0-4
Λεβαδειακός - Άρης 2-1
ΟΦΗ - Βέροια 2-0
Κέρκυρα - Παναθηναϊκός 11η αγωνιστική
Πανιώνιος - Πλατανιάς
Αστέρας Τρίπολης - Ατρόμητος
Παναθηναϊκός - ΠΑΟΚ
Ξάνθη - Πανθρακικός
Ολυμπιακός - Κέρκυρα
Αρης - ΠΑΣ Γιάννινα
Βέροια - ΑΕΚ
ΟΦΗ - Λεβαδειακός
12η αγωνιστική
Αστέρας Τρίπολης - Πανιώνιος
Πλατανιάς - Παναθηναϊκός
Ατρόμητος - Ξάνθη
ΠΑΟΚ - Ολυμπιακός
Πανθρακικός - Αρης
Κέρκυρα - Βέροια
ΠΑΣ Γιάννινα - ΟΦΗ
ΑΕΚ - Λεβαδειακός
13η αγωνιστική
Πανιώνιος - Παναθηναϊκός
Ξάνθη - Αστέρας Τρίπολης
Ολυμπιακός - Πλατανιάς
Αρης - Ατρόμητος
Βέροια - ΠΑΟΚ
ΟΦΗ - Πανθρακικός
Λεβαδειακός - Κέρκυρα
ΑΕΚ - ΠΑΣ Γιάννινα
14η αγωνιστική
Ξάνθη - Πανιώνιος
Παναθηναϊκός - Ολυμπιακός
Αστέρας Τρίπολης - Αρης
Πλατανιάς - Βέροια
Ατρόμητος - ΟΦΗ
ΠΑΟΚ - Λεβαδειακός
Πανθρακικός - ΑΕΚ
Κέρκυρα - ΠΑΣ Γιάννινα
15η αγωνιστική
Πανιώνιος - Ολυμπιακός
Αρης - Ξάνθη
Βέροια - Παναθηναϊκός
ΟΦΗ - Αστέρας Τρίπολης
Λεβαδειακός - Πλατανιάς
ΑΕΚ - Ατρόμητος
ΠΑΣ Γιάννινα - ΠΑΟΚ
Κέρκυρα - Πανθρακικός
