Εντυπωσιάζει τους επισκέπτες από την πρώτη κιόλας επαφή
Γνωστό και ως το «χωριό των πιθαράδων», η αγγειοπλαστική παράδοση και δημιουργία των κατοίκων του είναι εμφανής σε κάθε γωνιά του. Στις Μαργαρίτες ο επισκέπτης περπατά σε δρομάκια με μεγάλες πήλινες γλάστρες -τις περίφημες μαργαριτσανές στάμνες- έξω από κάθε σπίτι, κεραμικά κρεμασμένα στους τοίχους, πιθάρια που κοσμούν τους ανθοστολισμένους κήπους.
Οι Μαργαρίτες «ανθίζουν» στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη, σε υψόμετρο 300 μέτρων και σε απόσταση 27 χιλιομέτρων από το Ρέθυμνο. Στο χωριό αυτό γεννήθηκε ο ηγούμενος της Μονής Αρκαδίου με το μαρτυρικό παρελθόν, Γαβριήλ Μαρινάκης, ο πρωταγωνιστής της ανατίναξης του μοναστηριού που έγινε το 1866 στο όνομα της ελευθερίας.
Η τέχνη του πηλού, που σήμερα είναι το σήμα κατατεθέν του χωριού, συνδέεται με τον πλούτο κοιτασμάτων αργιλοχώματος στην περιοχή και είναι άρρηκτα δεμένη με την ιστορία του, αναδεικνύοντας τις Μαργαρίτες μεταξύ των μεγαλύτερων κέντρων κεραμικής στην Ελλάδα, ενώ και αρκετά εργαστήρια- εκθέσεις κεραμικής, τα φημισμένα «τσικαλαριά» -επειδή κάποτε έφτιαχναν τσικάλια, δηλαδή πήλινες κατσαρόλες- ασχολούνται με μοντέρνες αλλά και παραδοσιακές κατασκευές.
Η αρχιτεκτονική του χωριού έχει ξεχωριστό ενδιαφέρον καθώς παραπέμπει στην Ενετοκρατία κι έτσι αφθονούν τα ενετικά και βυζαντινά κτίσματα και τα σπίτια με τις σκαλιστές πόρτες. Κάντε μια στάση στην αναπαλαιωμένη Ιερά Μονή Σωτήρος Χριστού και Αγίου Γεδεών που στέκει αγέρωχη από τον 16ο αιώνα.
Ενδιαφέρον έχουν κι άλλες εκκλησίες στις Μαργαρίτες, όπως ο Άγιος Ιωαννής Θεολόγος με το πέτρινο τέμπλο, η παλαιότερη εκκλησία όλων. Στον αυλόγυρό του είναι θαμμένοι νεκροί του Αρκαδίου.
