Στην ...
αρχαιότητα ο Μαραθώνιος δεν υπήρχε ως άθλημα, ούτε και κάποιο παρόμοιο αγώνισμα. Η ιδέα για την καθιέρωσή του ανήκει στον Γάλλο φιλόλογο Μισέλ Μπρεάλ (1832-1915), ο οποίος έπεισε τον φίλο του Πιερ ντε Κουμπερντέν να το συμπεριλάβει στο πρόγραμμα των Α' Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας, σε ανάμνηση της νίκης των Ελλήνων κατά των Περσών στον Μαραθώνα (490 π.Χ.), την οποία ανήγγειλε στους Αθηναίους ο ημεροδρόμος Φειδιππίδης με την κραυγή «Νενικήκαμεν», προτού αφήσει την τελευταία του πνοή και αφού είχε διανύσει τρέχοντας την απόσταση από το πεδίο της μάχης στον Μαραθώνα στην Αθήνα.
Ο πρώτος Μαραθώνιος δρόμος έγινε στις 10 Μαρτίου 1896, κατά τη διάρκεια των Α' Πανελληνίων Αγώνων Στίβου και ήταν αγώνας πρόκρισης για τους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας. Νικητής αναδείχθηκε ο Χαρίλαος Βασιλάκος με 3 ώρες και 18 λεπτά, ενώ ο μετέπειτα νικητής των Ολυμπιακών Αγώνων, ο θρυλικός Σπύρος Λούης τερμάτισε πέμπτος. Ο 23χρονος νερουλάς από το Μαρούσι πήρε τη ρεβάνς λίγες ημέρες αργότερα, στις 29 Μαρτίου, όταν κέρδισε τον πρώτο Μαραθώνιο των Ολυμπιακών Αγώνων με επίδοση 2 ώρες, 58 λεπτά και 50 δευτερόλεπτα.
Από τότε, ο Μαραθώνιος άρχισε να κερδίζει συνεχώς σε δημοτικότητα και σήμερα είναι ένα από τα δημοφιλέστερα αθλήματα του στίβου. Αγώνες Μαραθωνίου δρόμου διεξάγονται όχι μόνο στο πλαίσιο των μεγάλων αθλητικών διοργανώσεων, αλλά και μεμονωμένοι, με μαζική συμμετοχή αθλουμένων (Μαραθώνιος Βοστώνης, Λονδίνου, Αθήνας κλπ).
Η διαδρομή του Μαραθωνίου δεν ήταν από την αρχή σταθερή. Οι μαραθωνοδρόμοι στην Αθήνα έτρεξαν γύρω στα 40 χιλιόμετρα, όπως και στους επόμενους αγώνες. Το 1924 η Διεθνής Ολυμπιακή Επιτροπή καθιέρωσε την απόσταση των 42.195 μέτρων, δηλαδή τη διαδρομή που διέτρεξαν οι δρομείς από τη βασιλική εξέδρα μέχρι το στάδιο κατά τους Ολυμπιακούς Αγώνες του Λονδίνου το 1908.
Το αγώνισμα του Μαραθωνίου διεξάγεται σε δημόσιο ασφαλτοστρωμένο δρόμο. Επίσημα εθνικά ή παγκόσμια ρεκόρ δεν αναγνωρίζονται από την IAAF, διότι το αγώνισμα διεξάγεται σε διαφορετικές εδαφολογικές συνθήκες. Την καλύτερη επίδοση στους άνδρες έχει σημειώσει ο κενυάτης Γουίλσον Κίπσανγκ με 2 ώρες, 3 λεπτά και 23 δευτερόλεπτα (28 Σεπτεμβρίου 2013), ενώ στις γυναίκες η επίδοση της βρετανίδας Πόλα Ράντκλιφ με 2 ώρες, 15 λεπτά και 25 δευτερόλεπτα αντέχει από το 2003. Τα αντίστοιχα ελληνικά ρεκόρ κατέχουν ο Σπύρος Ανδριόπουλος (ΑΠΣ Πάτραι) με 2:12.04 (9 Οκτωβρίου 1988) και η Μαρία Πολύζου (Πανελλήνιος ΓΣ) με 2:33.40 (23 Αυγούστου 1998). Την καλύτερη επίδοση στην ιδιαίτερα δύσκολη κλασική διαδρομή (Τύμβος Μαραθώνα - Παναθηναϊκό Στάδιο) κατέχει ο Ιταλός Στέφανο Μπαλντίνι με 2:10:55 από τους Ολυμπιακούς της Αθήνας το 2004. Στους ίδιους αγώνες σημειώθηκε και η κορυφαία γυναικεία επίδοση από τη γιαπωνέζα Μιζούκι Νογκούτσι με 2:26:20.
Ο πρώτος διεθνής μαραθώνιος επί της κλασικής διαδρομής έγινε στις 2 Οκτωβρίου 1955, αν και η απόφαση προϋπήρχε από το 1938. Ο αγώνας έγινε με τη συμμετοχή 21 αθλητών (12 Έλληνες, 4 Αιγύπτιοι, 2 Γιουγκοσλάβοι και από ένας Ιταλός, Γερμανός και Φινλανδός) και νικητής αναδείχθηκε ο φιλανδός Βέικο Κάρβονεν με 2:27:30.
