Η δίκη έγινε στην Παλαιά Βουλή και ξεκίνησε στις 31 Οκτωβρίου του 1922 και τερματίστηκε στις 15 Νοεμβρίου. Μετά από την Μικρασιατική Καταστροφή, οι συνταγματάρχες Πλαστήρας και Γονατάς μαζί με τον αντιπλοίαρχο Φωκά, έκαναν στρατιωτικό κίνημα που προκάλεσε την παραίτηση της κυβέρνησης αλλά και του Βασιλιά Κωνσταντίνου. Ο χαρακτήρας και η ιδέα για το στρατιωτικό κίνημα ήταν πως στην Μικρασιατική εκστρατεία, «ο ελληνικός στρατός δεν νικήθηκε, αλλά προδόθηκε».
Στην Αθήνα συγκροτείται Επαναστατική Επιτροπή, διατάζοντας τις συλλήψεις δεκάδες συλλήψεις αντιβενιζελικών πολιτικών. Στην πλατεία Συντάγματος, συγκεντρώνεται πλήθος κόσμου (100.000), ζητώντας την παραδειγματική τιμωρία των υπεύθυνων της τραγωδίας, στις 9 Οκτωβρίου.
Οι σκληροπυρηνικοί του στρατού όπως ο Πάγκαλος και ο Οθωναίος, αλλά και ο Αλέξανδρος Παπαναστασίου, ζητούν εκτελέσεις. Ο Πλαστήρας από την άλλη, ήθελε. Στο πλευρό του είχε τους πιο μετριοπαθείς στρατιωτικούς και πολιτικούς. Οι Μεγάλες Δυνάμεις ζητούσαν το ίδιο. Οι δυο πλευρές συμβιβάστηκαν με την ίδρυση έκτακτου στρατοδικείου, αν και από την φύση του δεν έδινε σε καμία περίπτωση την εντύπωση για μια δίκαιη δίκη.
Στο πόρισμα της Επιτροπής που εκδόθηκε στις 24 Οκτωβρίου, σε δίκη παραπέμφθηκαν, οκτώ πρόσωπα με την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας. Οι οκτώ ήταν:
• Δημήτριος Γούναρης (59 ετών, πρώην Πρωθυπουργός)
• Πέτρος Πρωτοπαπαδάκης (68 ετών, πρώην Πρωθυπουργός)
• Νικόλαος Στράτος (50 ετών, πρώην Πρωθυπουργός )
• Νικόλαος Θεοτόκης (44 ετών, Υπουργός Στρατιωτικών στην κυβέρνηση Πρωτοπαπαδάκη)
• Γεώργιος Μπαλτατζής (56 ετών, Υπουργός Εξωτερικών στις κυβερνήσεις Γούναρη και Πρωτοπαπαδάκη)
• Ξενοφών Στρατηγός, υποστράτηγος ε.α. (53 ετών, Υπουργός Συγκοινωνιών στην κυβέρνηση Γούναρη)
• Μιχαήλ Γούδας, υποναύαρχος ε.α. (54 ετών, Υπουργός Εσωτερικών στην κυβέρνηση Γούναρη)
• Γεώργιος Χατζανέστης, αντιστράτηγος (59 ετών, Αρχιστράτηγος Μικράς Ασίας και Θράκης)
Τρεις ημέρες αργότερα, συγκροτείται το έκτακτο στρατοδικείο με πρόεδρο τον σκληροπυρηνικό υποστράτηγο Αλέξανδρο Οθωναίο. Η δίκη διεξάγεται σε 14 συνεδριάσεις. Μετά την απόρριψη των ενστάσεων των κατηγορούμενων, εξετάστηκαν 12 μάρτυρες κατηγορίας και 12 μάρτυρες υπεράσπισης. Η επιτυχία του στρατοδικείου ήταν πως οι μάρτυρες κατηγορίας ανήκαν στο αντιβενιζελικό στρατόπεδο, όπως και οι κατηγορούμενοι. Ο Δημήτριος Γούναρης αρρωσταίνει από τύφο κατά την διάρκεια της δίκης και μεταφέρεται σε κλινική. Ζητά αναβολή της δίκης, αλλά το αίτημά του απορρίπτεται. Δικάζεται χωρίς να βρίσκεται στο εδώλιο για τις επόμενες μέρες.
Οι διεθνείς πιέσεις για επιείκεια, αναγκάζουν την κυβέρνηση του μετριοπαθούς Σωτηρίου Κροκιδά σε παραίτηση. Την πρωθυπουργία θα αναλάβει στις 14 Νοεμβρίου ο Στυλιανός Γονατάς, ένας εκ των ηγετών του στρατιωτικού κινήματος.
Στις 15 Νοεμβρίου, το δικαστήριο αποσύρεται σε διάσκεψη. Στις 6.30 το πρωί, οι στρατοδίκες ανακοινώνουν την απόφαση.
«Εν ονόματι του Βασιλέως των Ελλήνων Γεωργίου Β’ το Έκτακτον Στρατοδικείον συσκεφθέν κατά νόμον, κηρύσσει παμψηφεί τους μεν Γεώργιον Χατζηανέστην, Δημήτριον Γούναρην, Νικόλαον Στράτον, Πέτρον Πρωτοπαπαδάκην, Γεώργιον Μπαλτατζήν και Νικόλαον Θεοτόκην εις την ποινήν του Θανάτου. Τους δε Μιχαήλ Γούδαν και Ξενοφώντα Στρατηγόν εις την ποινήν των ισοβίων δεσμών».
Στις 9 το πρωί, ανακοινώνεται στους θανατοποινίτες πως η εκτέλεση θα γίνει σε δυο ώρες. Η επίσπευση έγινε με προτροπή του Παγκάλου, καθώς δεν ήθελε να τους προλάβει ζωντανούς ο απεσταλμένος της Αγγλικής κυβέρνησης, πλοίαρχος Τάλμποτ, που έπλεε προς τον Πειραιά. Ο Τάλμποτ σκόπευε να πιέσει την κυβέρνηση για αναβολή των εκτελέσεων.
Στις 10.30, δύο φορτηγά παραλαμβάνουν τους καταδικασθέντες και τους μεταφέρουν στο Γουδί. Μια ώρα αργότερα, το εκτελεστικό απόσπασμα πυροβολεί 36 φορές και οι 6, πέφτουν νεκροί.
Όπως φαίνεται και από τα λόγια του Θεόδωρου Πάγκαλου, χρόνια αργότερα, η εκτέλεση αυτή έγινε πρωτίστως για να ικανοποιηθεί το λαϊκό αίσθημα και όχι γιατί διέπραξαν πραγματικά προδοσία εις βάρος της Ελλάδας. «Δεν παραδέχομαι ότι διέπραξαν συνειδητήν προδοσίαν… αλλά υπήρξαν μοιραία και αναγκαία θύματα εις τον βωμόν της Πατρίδος».
